On vuosi 2242. Kanata haluaa ajelehtijaksi ja tapaa Noirin, viallisen magusin, jolla ei ole muistoja. Mutta Noir menestyy taistelussa endereitä vastaan, joten Kanata lyöttäytyy yhteen hänen kanssaan ja saa tietää, mitä ajelehtijaksi tulemiseen tarvitaan.
Kun kuolettavaa siniliuskemyrkkyä satoi taivaalta, ihmiskunta pakeni maan alle tuhoa, joka tunnetaan Uuden kuun kyynelinä. 100 vuotta myöhemmin ihmiskunta ilmestyi takaisin maanpinnalle aloittamaan uuden aikakauden. Enderien jatkuvan uhan alla ihmiset rakensivat uusia pesiksi sanottuja asutuksia yhdessä magus-tekoälyhumanoidien kanssa. Pikakelaus vuoteen 2242, jossa Kanata unelmoi ajelehtijaksi tulemisesta. Tutkiessaan museon raunioita Tokion, maineikkaan ajelehtijan seurassa, hän löytää Noir-nimisen magusin, joka on menettänyt kaikki muistonsa. Arkiset puuhat ovat Noirille vaikeita, mutta hän menestyy taistelussa endereitä vastaan. Kanata lyöttäytyy yhteen Noirin kanssa ja saa tietää, mitä ajelehtijaksi tulemiseen tarvitaan.
Ajoittaiset vilkkuvat valot tai kuviot voivat vaikuttaa valoherkkiin katsojiin.