Mulder et Scully doivent combattre un complot gouvernemental et découvrir la vérité au sujet de la colonisation extraterrestre de la Terre.
Basé sur la célèbre série TV, le film réunit Mulder et Scully, les agents du FBI, qui se retrouvent plongés dans un complot lors d’une enquête sur le mystérieux attentat à la bombe d’un bâtiment fédéral de Dallas et sur les secrets qui y sont renfermés. Les deux agents finiront par exposer la vérité derrière un projet qui menace de modifier le futur de l’humanité à tout jamais.