Phineas et Ferb découvrent que Perry est un véritable agent secret. Ils voyagent dans une autre dimension, où ils devront affronter le méchant Dr Doofenshmirtz, et réussir à rentrer à la maison.
Phineas et Ferb découvrent enfin que Perry, leur cher ornithorynque, est un véritable agent secret qui combat les forces du mal chaque jour. Ils se joignent à lui pour une aventure qui les envoie dans une autre dimension. Mais quand ils découvrent que le méchant Dr Doofenshmirtz menace de voyager dans leur dimension afin de régner sur leur ville, ils doivent s'unir pour l'arrêter.