An 2242. Kanata rêve de devenir un Drifter et rencontre Noir, une Magus détraquée qui a perdu ses souvenirs. Mais Noir excellant dans les combats contre les Enders, Kanata fait équipe avec elle et découvre ce qu'il faut vraiment pour devenir Drifter.
Lorsqu'un poison mortel, le schiste bleu, tomba du ciel, l'humanité fuit sous terre pour échapper à la catastrophe connue sous le nom des "Larmes de la Nouvelle Lune". Cent ans plus tard, l'humanité retourne à la surface pour démarrer une nouvelle ère. Sous la menace constante des Enders, les humains ont établi de nouvelles colonies, les "Nids" aux côtés d'IA humanoïdes appelées "Magus". An 2242, Kanata rêve de devenir Drifter. Alors qu'il explore les ruines d'un musée avec un Drifter renommé, Tokio, il découvre une Magus appelée Noir qui a perdu tous ses souvenirs. Noir peine à effectuer les tâches du quotidien, mais excelle en combat, notamment contre les Enders. Kanata fait donc équipe avec elle et découvre ce qu'il faut vraiment pour devenir Drifter.
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