Mulder et Scully doivent affronter une conspiration gouvernementale et découvrir la vérité sur un plan de colonisation de la Terre par des extraterrestres.
Basé sur la célèbre série télé, le film réunit les agents du FBI Mulder et Scully qui se retrouvent plongés dans un complot, lors d’une enquête sur le mystérieux attentat à la bombe d’un bâtiment fédéral de Dallas et sur les secrets qui y sont renfermés. Les deux agents finiront par exposer la vérité derrière un projet qui menace de modifier le futur de l’humanité à tout jamais.