カクレクマノミの子供ニモが、ある日突然、オーストラリアのグレート・バリアリーフから歯医者の水槽に連れ去られてしまった。ニモを救うため、心配性なニモの父マーリンと優しいけど物忘れのひどいドリーが大冒険に出発する。
好奇心いっぱいなカクレクマノミの子供ニモが、ある日突然、オーストラリアのグレート・バリアリーフから歯医者の水槽に連れ去られてしまった。ニモを救うため、心配性なニモの父マーリンと優しいけど物忘れのひどいドリーが大冒険に出発する。ベジタリアンのサメ、サーファーのカメ、プヨプヨなクラゲ、お腹をすかせたカモメなどたくさんの生き物たちと出会う旅の中で、マーリン自身もたくましく成長していく。果たして彼は、無事にニモを救い出すことができるだろうか?