人間とミュータントの共存を望む平和的なリーダー、チャールズ・エグゼビア(プロフェッサーX)と、宿敵マグニートーがついに衝突!
マグニートーは、生き返ったジーン・グレイを利用してチャールズを始末し、邪悪な心を持つミュータントを解放しようとする。いまや別人格“フェニックス”となり最強のミュータントとなったジーンが、X-MENの前に立ちはだかる。X-MENの初代メンバーを集めたウルヴァリンは、ストームとの新たな関係に直面する。一方、ローグとアイスマンはこのままX-MENでいるか、人間になるかという究極の選択を前に葛藤する。