햄스터빌 박사가 탈옥해 줌바를 시켜 스티치의 사악한 쌍둥이 동생 리로이를 만들어내자 릴로와 스티치는 충격을 받는다. 설상가상으로, 햄스터빌은 이 사악한 피조물을 복제해 자신의 군단을 만드는데…
625개의 실험을 끝낸 보상으로 릴로, 스티치, 줌바, 플리클리는 은하계에서 각자 원하는 곳에 살 수 있게 된다. 악랄한 햄스터빌 박사가 탈옥해 줌바를 시켜 스티치의 사악한 쌍둥이 동생 리로이를 만들어내자 그들의 삶은 흔들리게 된다. 설상가상으로, 햄스터빌은 이 사악한 피조물을 복제해 자신의 군단을 만든다. 이제 릴로는 머나먼 우주 곳곳에서 스티치와 친구들을 모아 리로이 군단에 맞서 싸워야 한다. 함께 위기를 헤쳐나가면서 친구들은 서로의 곁이 가장 안전하다는 것을 깨닫게 된다.