피터 파커는 2년 전 스파이더맨이 되고, 쉴드의 국장인 닉 퓨리는 피터에게 네 명의 십 대 슈퍼히어로 동료들과 함께 훈련을 받고 '얼티밋 스파이더맨'이 되는 기회를 제공한다.
2년 전 스파이더맨이 된 피터 파커는 사람들의 목숨을 구하고 슈퍼빌런들과 싸우지만, 여전히 슈퍼히어로가 되는 방법을 배우는 과정에 있다. 쉴드의 국장인 닉 퓨리는 피터에게 네 명의 십 대 슈퍼히어로 동료들과 함께 훈련을 받고 '얼티밋 스파이더맨'이 되는 기회를 제공한다. 어른이 되어가는 이 이야기를 통해서 피터는 그의 멘토 그리고 동료들과 서로 알아가는 과정을 거치고 그의 운명을 더욱 잘 이해하게 된다.