히로, 베이맥스, 와사비, 허니 레몬, 고고, 프레드로 이루어진 전설적인 슈퍼히어로 팀 ‘빅 히어로 6’가 과학의 힘으로 더 강력해진 악당으로부터 도시를 지킨다.
14살의 과학 천재 히로와 히로의 자상한 최신식 로봇 베이맥스의 모험은 계속된다. 명문 SFT 공과대학에서의 새로운 생활도 힘든데 설상가상으로 학교 밖 상황도 쉽지 않다. 히로와 베이맥스는 와사비, 허니 레몬, 고고, 프레드와 함께 전설적인 슈퍼히어로 팀 ‘빅 히어로 6’를 결성해, 과학의 힘으로 더 강력해진 온갖 악당들이 도시를 난장판과 혼란으로 뒤집어 놓으려는 것을 막는다.