Basert på spenningsboken med samme navn, Maze Runner foregår i en post-apokalyptisk verden, der Thomas blir plassert i et samfunn av unge menn. Når de innser at de er fanget inne i en labyrint, bestemmer de seg for å samarbeide om å komme seg ut og avsløre sannheten om hvem som har plassert dem der og hvorfor.
I dette hektiske overlevelseseventyret, basert på den bestselgende boka, våkner Thomas (Dylan O'Brien) fanget i en enorm labyrint som hele tiden forandrer seg sammen med en gruppe gutter som ikke husker noe om verden utenfor. Med farlige hindringer rundt hvert hjørne må Thomas og de andre skynde seg for å pusle sammen spor slik at de oppdager sitt sanne formål... og finne en vei ut før det er for sent!