Zissou (Bill Murray) en zijn team - Team Zissou - gaan op expeditie om jacht te maken op de mysterieuze, ongrijpbare, mogelijk niet bestaande jaguarhaai, die Zissous partner heeft gedood tijdens het filmen van hun laatste avontuur.
De internationaal beroemde oceanograaf Steve Zissou (Bill Murray) en zijn team - Team Zissou - gaan op expeditie om jacht te maken op de mysterieuze, ongrijpbare, mogelijk niet bestaande jaguarhaai, die Zissous partner heeft gedood tijdens het filmen van de documentaire over hun laatste avontuur. Ze worden op hun reis vergezeld door een jonge luchtvaartpiloot (Owen Wilson) die misschien wel of misschien niet Zissous zoon is, een beeldschone journalist (Cate Blanchett) die een portret moet schrijven over Zissou, en zijn van hem vervreemde vrouw en co-producent Eleanor (Angelica Huston). Ze moeten heel wat hindernissen overwinnen, waaronder piraten, kidnapping en een faillisement. De voor een Oscar genomineerde schrijver en regisseur Wes Anderson heeft een sterrencast verzameld waaronder Willem Dafoe, Jeff Goldblum, Michael Gambon, Noah Taylor en Bud Cort, voor dit wilde en krankzinnige avontuur!