Drie superintelligente apen uit de toekomst gaan terug naar de 20e eeuw en zaaien angst onder de bevolking, die bang is voor een complot dat de mensheid ten val zal brengen.
Roddy McDowall en Kim Hunter kruipen weer in de huid van hun personages uit de originele Planet of the Apes-film. In dit derde hoofdstuk van de Apes-sage reizen twee intelligente apen, Cornelius (McDowall) en Zire (Hunter), vanuit de toekomst terug in de tijd naar de aarde van tegenwoordig. Ze worden gelijk een sensatie, mogen verschijnen op chique etentjes en worden behandeld als beroemdheden - totdat een complot op hoog niveau ervoor zorgt dat ze moeten rennen voor hun leven.