Verdens modigste mus, Bernard og Bianca, skynder seg til Australia for å redde en gutt og en sjelden kongeørn fra en fæl krypskytter.
Dypt i Australias villmark stifter en ung gutt ved navn Cody et vennskap med en kongeørn. Men når en krypskytter vil fange ørnen, trår Cody til for å beskytte ham. Han vet at han ikke kan klare det alene, og ber om hjelp fra verdens modigste mus, Bernard og Bianca. Høyt i lufta på vingene til albatrossvennen Wilbur er muse-toppagentene klare for å takle sitt hittil farligste oppdrag.