Zissou (Bill Murray) og mannskapet – Team Zissou – drar ut på en ekspedisjon for å drepe den mystiske, og muligens ikke-eksisterende jaguarhaien som drepte partneren til Zissou under filmingen av det siste eventyret deres.
Den berømte oseanografen og filmskaperen Steve Zissou (Bill Murray) har begynt å miste grepet. For å gjenopprette sitt rykte begir han seg ut på en havekspedisjon for å drepe den mystiske jaguarhaien, som drepte hans beste venn! Med seg på reisen har han en merkelig gjeng: en ung pilot (Owen Wilson) som muligens er hans egen sønn, en vakker, gravid journalist (Cate Blanchett), Steves steinrike, blaserte kone (Anjelica Huston), en tysk maskiningeniør (Willem Dafoe) og Steves erkefiende og forskerrival (Jeff Goldblum). Bli med på historiens mest bisarre dyphavsekspedisjon! Wes Andersons Livet under vann er full av skrudd humor og fantastiske rollekarakterer. Under havoverflaten venter filmhistoriens mest surrealistiske undervannsverden, med innbyggere du ikke trodde fantes – og som kanskje heller ikke gjør det... På filmens soundtrack medvirker bl.a. David Bowie, Iggy & The Stooges, Devo og den brasilianske stjernen Seu Jorge, som spiller coverlåter av Bowie – på portugisisk!