Phineas e Ferb descobrem por fim que o seu querido ornitorrinco Perry é um agente secreto. Juntam-se a ele numa grande aventura que os projeta para outra dimensão onde um Dr. Doofenshmirtz verdadeiramente perverso uniu forças com "Platyborg" para governar uma área alternativa. Agora, os três amigos terão de enfrentar o Dr. Doofenshmirtz e entrar num jogo dimensional para voltar para casa.
Phineas e Ferb descobrem finalmente que Perry, o seu querido ornitorrinco, é um verdadeiro agente secreto que luta diariamente contra as forças do mal. Juntam-se a ele numa grande aventura que os projeta para outra dimensão onde um Dr. Doofenshmirtz verdadeiramente perverso assumiu o controlo de uma área alternativa. Quando eles descobrem o plano malvado para regressar à dimensão onde eles vivem e assumir o controlo, o grupo e os seus alter egos devem unir-se para o impedir.