Matka s dcérou sú prinútené presťahovať sa po nepeknej bitke o opatrovníctvo do spustnutého bytu. Straší ich ale duch dievčaťa, ktorého rodina žila v ich budove.
S desivou záhadou vo svojom jadre je film Temné vody thrillerom plným napätia. Dahlia Williamsová (Connelly) a jej päťročná dcéra sú pripravené začať spolu nový život. Ale zdá sa, že ich nový spustnutý byt žije vlastným životom. Záhadné zvuky, neustále pretekanie zakalenej vody a iné zvláštne úkazy v opustenom byte nad nimi vyšlú Dahliu na desivé a záhadné pátranie – také, ktoré spustí prúd živých nočných môr.