1988年7月，東京發生大爆炸，引發第三次世界大戰。31年後—2019年，重建於東京灣上的巨型都市新東京動盪不安，宛如一個墮落腐敗的末世廢墟。在這繁華與毀滅共存的時代，對政府失去信心的絕望人民，希望能尋求「阿基拉」這股強大的力量獲得重生與救贖。某夜，飆車族老大金田和好友鐵雄意外撞上一位擁有超能力的孩子，身負重傷的鐵雄遭到軍方強行帶走，成為最新的實驗對象。被迫捲入政府陰謀的金田決定潛入軍方實驗室救出鐵雄，另一方面，體內超能力因此覺醒的鐵雄，卻開始濫用這股恐怖力量一步步走向失控邊緣，31年前那場災難背後的真相呼之欲出……。