東東（梅豔芳 飾）與青青/陳三/心靖（楊紫瓊 飾）原本由一位武林高人所收養，教她們習武，希望二人能成為一對行俠仗義的女俠。可是，在青青一次練功時因無力攀上山頂而掉下，從此杳無音訊。東東則成為女飛俠，平常則是警察劉啟文（劉松仁 飾）的妻子。 故事始於連警察也束手無策的「盜嬰」事件。陳三披著博士發明的隱身衣，向警方下戰書，並在盜嬰過程中為女飛俠所傷。女捕頭陳七（張曼玉 飾），為了幫局長取回嬰兒潛入魔宮，但被公公重傷，也遇見昔日好友陳三，後由女飛俠所救。公公（任世官 飾）盜嬰是為了令中國有皇帝，及後要求陳三取得博士的隱身衣，但陳三卻以隱身衣不能在日光下使用來拖延。公公派陳九挾持車站人質逼迫陳七與女飛俠現身，並再次要陳三殺死博士。陳三找陳七求死，由女飛俠所救，二人相認後前往營救博士，可惜博士早知自己命不久矣。最後三人合力一齊對付公公，經過一番激戰後將公公消滅，並救回所有被盜走的嬰兒。