Après s'être échappés de la planète abritant les Aliens, Ripley, Newt et Bishop s'écrasent sur une planète. Mais cette fois, Ripley n'est pas la seule survivante de ce voyage : un Alien était à bord de la capsule de sauvetage. La planète en question est Fiorina 161, une planète pénitentiaire qui n'abrite aucune arme pour se défendre contre la nouvelle créature...
S'écrasant sur une planète-prison, Ripley (Sigourney Weaver) est confrontée à des prisonniers endurcis. Le gardien Andrews (Brian Glover) et leur chef spirituel Dillon (Charles S. Dutton) la confient au Dr Clemens (Charles Dance). Mais un spécimen d'Alien a aussi survécu au crash. Quand les prisonniers se mettent à disparaître, une lutte féroce pour rester en vie s’amorce.