Quando un alieno mutaforma - travestito da bellissima modella di lingerie - e il suo sciocco complice attacca il quartier generale MIB "tecnicamente" inesistente, l'agente J deve riattivare la memoria del pensionato K.
Quattro anni dopo che Jay e Kay hanno evitato un disastro intergalattico, Jay ha preso il ruolo del suo ex partner come impiegato più fastidiosamente efficiente dell'agenzia governativa non ufficiale che regola tutte le questioni aliene sulla Terra. Mentre indaga su un crimine apparentemente ordinario tra alieni, Jay scopre un complotto diabolico ideato da Serleena, un mostro malvagio travestito da modella sexy di lingerie. Quando Serleena prende in ostaggio l'intero edificio MIB, Jay può solo rivolgersi al pensionato Kay, la cui esperienza rappresenta l'ultima migliore speranza dell'universo per evitare la distruzione totale.