ルッソ一家が友達とイタリアのトスカーナを訪れる。長い間会っていなかった親戚に会うためだったが、アレックスが一人前の立派な魔女であることを証明しようと魔法を使ったため、うっかり“いいアレックス”と“悪いアレックス”を作り出してしまう。“悪いアレックス”は、世界を征服すると言う魅力的な若い魔法使いにそそのかされ、“いいアレックス”は家族や人類を救うべく奔走する。そして２人のアレックスはピサの斜塔で世紀の戦いを迎えるのだった。