Na een bomaanslag op het FBI-gebouw in Texas zetten de FBI agenten Mulder en Scully hun carrière en leven op het spel in de jacht op een dodelijk en mogelijk buitenaards virus. Hun zoektocht naar de waarheid leidt naar het mysterieuze Syndicaat, een groep samenzweerders met een hoger doel. Uiteindelijk belanden ze in Antartica, waar het grootste mysterie van allemaal verborgen ligt.