John 'JD' Dorian is coassistent in het Sacred Heart-ziekenhuis, waar humor en tragedie dicht bij elkaar liggen. Verder zijn er nog z'n collega's chirurg Chris Turk en de mooie, maar onhandige Elliot.
Scrubs belicht de vreemde belevenissen van dr John Dorian, oftewel 'JD', een coassistent die werkt in het vreemde Sacred Heart-ziekenhuis, waar humor en tragedie dicht bij elkaar liggen. Verder zijn er z'n collega's Chris Turk, JD's vriend uit z'n studententijd, die deel uitmaakt van een gespecialiseerde groep chirurgen, en de mooie, maar sociaal onhandige Elliot Reid.