Num futuro próximo, um mercenário escolta uma jovem misteriosa da Europa do Leste até Nova Iorque, onde o seu verdadeiro objetivo, a ser explorado pelo líder de uma religião em crescimento, é revelado.
No mundo de Babylon A.D., as regras são simples: matar ou morrer. Toorop, um mercenário impiedoso é contratado para escoltar uma mulher misteriosa dos confins pós-apocalípticos da Europa de Leste para a brilhante metrópole de Nova Iorque. Com desafios a cada esquina, Toorop segue em carga através de um deserto tenebroso, descobrindo um segredo chocante, que deixará o mundo perplexo.