東東（梅艷芳飾）與青青/陳三/心靖（楊紫瓊飾）原本由一位武林高人所收養，並傳授她們武功，希望二人能成為一對行俠仗義的女俠。可是青青在一次練功時因無力攀上山頂而掉下山崖後便從此杳無音信。東東則成為了女飛俠，平常時候是警察劉啟文（劉松仁飾）的妻子。 故事始於連警察也束手無策的「盜嬰」事件。陳三披著博士發明的隱身衣，向警方下戰書，並在盜嬰過程中為女飛俠所傷。女捕頭陳七（張曼玉飾）為了幫局長取回嬰兒而潛入魔宮，但卻被公公重傷，也遇見昔日好友陳三，後由女飛俠所救。公公（任世官飾）盜嬰是為了讓中國有皇帝，其後他更要求陳三取得博士的隱身衣，但陳三卻以隱身衣不能在日光下使用來拖延。公公派陳九挾持車站人質，逼迫陳七與女飛俠現身，並再次要陳三殺死博士。陳三找陳七求死，由女飛俠所救，二人相認後前往營救博士，可惜博士早知自己命不久矣。最後三人合力一齊對付公公，經過一番激戰後終將公公消滅，並救回所有被盜走的嬰兒。