秘密實驗室「Ark本館」被一群不明人士摧毀，獨自倖存的少女第一次走出世界。對外面世界感到陌生的她，偶然遇見慶熙和大吉兩姐弟，在農村和他們成為朋友。正當她逐漸適應溫暖的日常生活，各懷鬼胎的勢力開始追查少女的行蹤，魔女的本性再次被喚醒。