Όταν ο ειρηνικός ηγέτης των μεταλλαγμένων, Τσαρλς Εξέβιερ, συγκρούεται με τον μαχητικό ομόλογό του, τον Magneto, χαράσσονται τα όρια των στρατοπέδων για τον πόλεμο που θα δώσει τέλος σε όλους τους πολέμους, σε αυτή την εκρηκτική περιπέτεια των X-Men.
Αφού σκότωσε τον Εξέβιερ και απελευθέρωσε τους κακούς μεταλλαγμένους, ο Magneto χρησιμοποιεί την αναστημένη Τζιν Γκρέι - που τώρα είναι η Phoenix, η πιο ισχυρή από όλους τους μεταλλαγμένους - εναντίον των X-Men. Ενώ ο Λόγκαν στρατολογεί τα μέλη της αρχικής ομάδας του Εξέβιερ και αντιμετωπίζει μια εξελισσόμενη σχέση με τη Storm, η Rogue και ο Iceman αναγνωρίζονται ως το μέλλον των X-Men.