悪のルーツである生まれ故郷ロスト島へ戻ったマル。そこではアースラの娘ウーマが、クイーンを名乗っていた!オラドンに招かれなかったことを妬むウーマは、海賊の仲間たちに命じ、ロスト島とオラドンの境界を破壊し、島に閉じ込められたヴィランズを解き放とうとする。
マルは、王室の一員になるプレッシャーに耐えきれず、悪のルーツである生まれ故郷ロスト島へ戻る。そこではアースラの娘にしてマルの宿敵であるウーマがクイーンを名乗り、荒廃した島を牛耳っていた。実は彼女は、オラドンに招かれず、他のヴィラン・キッズたちと一緒に島に残されたことを根に持っていた。そしてフック船長の息子ハリーやガストンの息子ギルなど海賊たちに命じ、ロスト島とオラドンの境界を破壊し、島に閉じ込められたヴィランズを解き放とうとする。