ある日、事故で愛犬スパーキーを失ってしまった少年ヴィクターは、科学の力でスパーキーを生き返らせる。しかし、その姿は生きていた頃とちょっと違っていた。
ディズニーと奇才ティム・バートン(「アリス・イン・ワンダーランド」、「ナイトメアー・ビフォア・クリスマス」)が贈る快作「フランケンウィニー」は、心温まる少年と愛犬の物語。不慮の事故により愛犬スパーキーを失ってしまった少年ヴィクターは、科学の力でスパーキーを生き返らせるが、その姿は生きていた頃とちょっと違っていた。彼は蘇らせたスパーキーを隠そうとするが、スパーキーは勝手に外に出てしまい、皆にその存在を知られてしまう。やがてヴィクターの同級生や先生をはじめ街じゅうが、動物を生き返らせることの恐ろしさに気づき始める。