バージニア州FBIアカデミークワンティコ本部。ここは最も過酷な新兵訓練所であり、FBI捜査官としての基礎知識や技術を叩き込まれ、厳しい訓練の日々が待ち受けている。 ミステリアスな美女アレックスを始め、出身地、家庭環境、宗教、経歴は様々だが、個々の卓越した能力を買われ捜査官候補生として選ばれた者たちが、全米各地から集結。 その9か月後、9.11以来最大の爆弾テロ事件が起き、FBI捜査官となっていた卒業生がテロ首謀者として容疑をかけられる。
クワンティコ
バージニア州クワンティコにあるFBIアカデミーで、過酷な訓練に奮闘する訓練生たち。アメリカ全土からトップクラスの優秀な人間が集まる訓練生の中でも、特にアレックス・パリッシュは、頭脳、体力、美貌を兼ね揃え目立つ存在だった。
9.11テロ事件で亡くなった両親を想うリッチなシェルビー、従軍した過去をなぜか秘密にしているサイモン、イスラム教徒のニマ、FBIの大物の息子ケイレブ、プライベートを明かさないクールなナタリーなど、常にトップであることを求められる彼らには厳しい訓練によって強いストレスがかかり、次第にその弱さ、暗い一面が露呈する。しかし、彼らは厳しくも温かい教官、ミランダとリアムの指導のもと、結束を強め、成長を遂げていくのだった。そしてついにアレックスは、トップの成績を収めてアカデミーを卒業する。
ある日アレックスは、ニューヨークで起きた大規模な爆破現場のがれきの中で目覚める。完全に意識を失っていた彼女は何が起きたかわからないままFBIの仲間たちに救出される。ところが、その大規模爆破を自作自演した犯人、テロの容疑者として疑いをかけられてしまうのだった。逃亡した彼女はFBIに追われながらも、事件を解決するためにアカデミー時代の仲間たちと奔走！一体これは誰の陰謀なのか？しかし、過酷な訓練を共に戦った仲間たちは、誰もが国籍、家族、宗教など危ういバックボーンを抱えていた。そして、アレックス自身も…。
恋人、友人、ライバル、誰も信用できない中、訓練生たちの謎の「過去」、アカデミーでの「現在」、そして爆弾テロ事件の「未来」が交差しながら暴かれていく事件の真相に、一瞬たりとも目が離せない。果たして、驚愕の結末とは！？