서기 2059년. 새로운 땅을 찾아 은하를 여행하는 초장거리 이민선단 '마크로스 프론티어'. 그곳에는 거주선을 중심으로 1,000만 명 이상이 살고 있다. 그런 '프론티어' 선단에 '은하의 요정'이라 불리는 최고의 가수 '셰릴 놈'이 콘서트를 위해 찾아온다. 그런 셰릴을 동경하는 소녀 '란카 리'는 지극히 평범한 여고생이다. 란카는 소원하던 셰릴의 콘서트장으로 달려가던 중 파일럿 양성 과정을 밟고 있는 고등학생 '사오토메 알토'를 만난다. 프론티어 선단은 미지의 우주 생물 바즈라에게 급습당하고, 바즈라의 존재를 둘러싼 여러 목적과 계획이 얽히고설키며 프론티어 선단은 가혹한 운명의 장난에 휩싸이고 만다.
