서기 2059년, 새로운 세계를 찾아 은하를 여행하는 초대형 이민선 '마크로스 프론티어'에는 천만 명이 넘는 인구가 거주한다. 하늘을 동경해 발키리 파일럿을 목표로 하는 소년 사오토메 알토. 은하 최고의 가수 셰릴 놈. 셰릴을 동경하는 가수 지망생 소녀 란카 리. 마크로스 프론티어 선단에서 세 사람이 만나자 아무도 상상하지 못했던 이야기가 펼쳐진다. 수수께끼의 생명체 '바즈라'로부터 두 소녀를 지키기 위해 배리어블 파이터 VF-25로 싸우는 알토. 새로운 친구, 신세계를 만나지만 선단을 둘러싼 싸움은 격렬해지고, 결국 셰릴은 스파이라는 의심까지 받는다. 불꽃을 가르며 날아가는 세 사람 앞에 어떤 수수께끼와 노래가 기다리고 있을까?
