서기 2059년, 새로운 세계를 찾아 은하를 항해하는 이민 선단 '마크로스 프론티어'는 미지의 중기갑 생명체 '바즈라'의 습격을 받는다. 하지만 S.M.S의 목숨을 건 사투와 두 가수, 셰릴과 란카의 힘으로 전투가 끝난다. 스타의 길을 가는 란카 리와 죽음을 예감하면서도 더 높은 곳을 향해 나아가는 셰릴 놈. 두 소녀 사이에서 사오토메 알토는 발키리 파일럿으로 성장을 거듭한다. 그러나 음모의 그림자가 움직이기 시작한다. 두 디바의 비밀과 바즈라의 힘을 이용하려는 사람들의 욕망이 선단을 덮치며, 두 디바를 잇는 소년 사오토메 알토가 두 사람의 노래와 함께 전장으로 날아오른다.
