서기 2008년, 세계는 전쟁으로 불타고 있다. 이 모든 것은 1999년에 우주선 ASS-1이 남 아타리아 섬에 추락하면서 시작되었다. 이 사건으로 세계는 외계의 위협에 맞서 인류를 단결시키려는 통합정부와 그에 저항하는 반통합 동맹으로 나뉘었고, 두 진영의 갈등은 결국 2001년 통합전쟁으로 번졌다. 몇 년 후, 전투에서 격추당한 통합군 파일럿 쿠도 신은 마얀 섬에 떠내려온다. 무녀 사라 놈과 그녀의 여동생 마오가 신을 구출하고, 통합군과 반통합 동맹은 섬 근처 해역에서 프로토컬쳐 유물의 흔적을 발견한다. 평화로운 섬에 전쟁이 일어나며 신, 사라, 마오는 '새인간' 쟁탈전에 휘말리게 된다.
