2090년. 한때 지구를 구했던 우주 전함 마크로스는 거리의 기념물이 되었고, 지구인과 크기가 같아진 젠트라디와 함께 인류는 새로운 번영을 누리고 있었다. 그러던 중 갑자기 태양계를 침공해 온 이성인 마르두크와 통합군 간의 전투가 시작된다. 스캔들 전문 TV 리포터 히비키는 '노래'에 극도의 동요를 일으키는 젠트라디에게 효과적인 공격법인 '민메이 어택' 장면을 포착하기 위해 민간용 발키리를 타고 전장으로 향한다. 하지만 히비키가 목격한 것은 계속해서 돌진하는 적에게 격파당하는 수많은 통합군 부대의 모습이었는데.
혼란에 휩싸인 채 난파된 적 전함에 침입한 히비키는 잠들어 있는 아름다운 소녀, 이슈타르를 만나게 된다.
