Wanneer Thomas wakker wordt, is hij met een groep andere jongens gevangen in een gigantisch labyrint. Van de buitenwereld weet hij niets meer, behalve vreemde dromen over een mysterieuze organisatie genaamd W.C.K.D. Alleen door fragmenten van zijn verleden te verzamelen met aanwijzingen die hij in het labyrint vindt, kan Thomas zijn ware doel en een manier om te ontsnappen zien te vinden.
In dit spannende avontuur gebaseerd op het populaire boek ontwaakt Thomas (Dylan O’Brien) samen met een groep jongens die zich de buitenwereld niet meer herinneren in een gigantisch labyrint dat steeds verandert. Bij elke beweging komen er nieuwe gevaarlijke obstakels en Thomas en de anderen moeten snel alle aanwijzingen vinden om hun ware doel te onthullen... en uit het labyrint te komen voordat het te laat is!