Dünyanın en cesur fareleri Bernard ve Bianca, bir çocuğu ve soyu tükenmekte olan bir kaya kartalını cani bir kaçak avcıdan kurtarmak için Avustralya'ya doğru yarışırlar.
Avustralya'nın uçsuz bucaksız ve öngörülemeyen Outback'inin derinliklerinde, Cody adında genç bir çocuk, büyük kaya kartalıyla inanılmaz bir arkadaşlık kurar. Ancak acımasız bir kaçak avcı, kartalı yakalamak için harekete geçince Cody, onu korumak için devreye girer. Bunu tek başına yapamayacağını bilerek gönderdiği yardım çağrısı, dünyanın en cesur fareleri Bernard ve Bianca tarafından yanıtlanır. Komik albatros arkadaşları Wilbur'un kanatlarında uçan bu üst düzey fare ajanlar, şimdiye kadarki en büyük, en tehlikeli görevlerinin üstesinden gelmeye hazırdır.