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FBI捜査官アーチャー（ジョン・トラボルタ）は、謎のテロリスト、トロイ（ニコラス・ケイジ）の企みを阻止するため、最新技術でトロイの顔を自分の顔に移植し、テロリストの世界に潜入して情報を探る。しかしトロイはその報復に、医師を脅迫して自分をアーチャーに改造する。そしてアーチャーは宿敵が自分の家族と一緒に暮らしているという悪夢に直面するのだった。