Under et rutineoppdrag oppdager Agent J en djevelsk plan av det onde monsteret Serleena, som er forkledd som sexy undertøysmodell. Da Serleena tar hele MIB-bygningen som gissel, søker Agent J hjelp hos sin gamle makker, Agent K, som nå arbeider på et postkontor, og har fått slettet alle minnene om sin tid som MIB. Sammen må de kjempe for å redde Jorden, galaksen og MIB fra universets skumle slyngler. Heldigvis har de med seg mye ammunisjon
Tommy Lee Jones og Will Smith er tilbake i sort som skurkebekjempende superagenter Kay og Jay - regulatorer for alle romvesen på jorden. Deres siste oppdrag: å redde verden fra en total intergalaktisk katastrofe! Når et kylothiansk monster skjult som en undertøysmodell truer menneskenes overlevelse, får MIB telefonen om å sette i gang. Mens hovedkvarteret er under angrep, og tiden løper fra dem, får agentene Kay og Jay hjelp fra mopsen Frank og en haug med mark til å banke et sexy romvesen!
