Men in Black, Dünya üzerindeki uzaylı faaliyetlerini izlemek amacıyla kurulmuş çok gizli bir teşkilatın üyeleri olan Kay (Jones) ve Jay (Smith) adlı ajanların maceralarını konu alıyor. Bu iki siyahlı adam kendilerini, iki elçiyi öldürmek için rakip galaksilerden Dünya’ya gelen galaksilerarası bir teröristin (Vincent D'Onofrio) ölümcül komplosunun içinde bulur.